Di Indonesia, aktivitas WRI sejak 1990-an dimulai melalui mitra-mitra dalam negeri, sebagian besar pada isu kehutanan, dan telah dikenal secara luas oleh pemangku kepentingan di Indonesia sebagai organisasi global yang menghasilkan penelitian berkualitas tinggi yang berlandaskan fakta dan data. WRI telah aktif di Indonesia selama lebih dari 10 tahun, menjalankan program-program seperti Governance of Forest Initiative, Forest and Landscape in Indonesia (sebelumnya dikenal sebagai POTICO), Global Forest Watch, dan beragam proyek di seluruh penjuru negeri dengan mitra-mitra kunci. Beberapa publikasi WRI mengenai Indonesia juga telah dipublikasikan sejak akhir 1990-an hingga saat ini, termasuk mengenai penebangan illegal, perubahan tutupan pohon, status hutan Indonesia, kebakaran hutan, klasifikasi tata guna lahan, dan identifikasi lahan terdegradasi untuk kelapa sawit berkelanjutan.
Sejak 2011, WRI telah bekerja dengan para mitra dan staf di dalam negeri untuk membantu pemerintah mengimplementasikan Rencana Pengurangan Gas Rumah Kaca Nasional yang berhubungan langsung dengan sektor berbasis lahan, terutama untuk membantu Indonesia mengembangkan industri kelapa sawitnya dengan cara yang lebih berkelanjutan. Kegiatan ini kemudian memperluas mitra WRI, yang mencakup para pelaku usaha dan berbagai forum multi pemangku kepentingan mengenai produksi komoditas berkelanjutan seperti Roundtable on Sustainable Palm Oil, Consumer Goods Forum, dan Tropical Forests Alliance.
Keputusan untuk mendirikan WRI Indonesia diambil pada tahun 2013, sebagai langkah untuk mewujudkan keberadaan yang lebih kuat dan formal. WRI Indonesia didirikan pada akhir 2014 dalam bentuk yayasan. Sebagai sebuah badan hukum, WRI Indonesia dapat melanjutkan pekerjaan yang telah dilakukan selama dekade terakhir di Indonesia serta mempererat kemitraan dengan para pemangku kepentingan kunci, termasuk lembaga pemerintahan, perusahaan, dan institusi penelitian. Pendirian WRI Indonesia menjadi penting untuk menjadi bagian dalam upaya membantu Indonesia dan wilayah sekitarnya berkembang ke jalur ekonomi yang lebih adil dan berkelanjutan.
Hingga saat ini, WRI tetap memegang teguh misi, pendekatan, dan visi pendiriannya. Institusi tersebut kaya akan sejarah dalam mengubah gagasan-gagasan besar menjadi aksi nyata, dengan dampak bagi manusia dan alam. WRI terus berkembang untuk menjaga kesempurnaan penelitiannya dan memastikan bahwa analisis dan rekomendasinya mampu menciptakan perubahan yang berarti di lapangan. WRI Indonesia bertujuan untuk terus berkembang dari puluhan tahun pengalamannya untuk menuju bumi yang berkelanjutan dengan sumber daya alam yang melimpah bagi generasi yang akan datang.